gtPreprocessing: now uses gtGeoSamEnvFromAcq to compute the sample envelope.

Signed-off-by: preischig <preischig@xnovotech.com>

1_preprocessing/gtPreprocessing.m

@@ -170,9 +170,10 @@ if (parameters.acq.no_direct_beam)
     check = inputwdefault('Is it like a taper scan with the sample still in the images? [y/n]', 'y');
     if strcmpi(check,'y')
         % define the sample envelope - assume centred on direct beam
-        parameters.labgeo.samenvtop = (parameters.acq.bb(4)/2)*parameters.acq.pixelsize;
-        parameters.labgeo.samenvbot = -parameters.labgeo.samenvtop;
-        parameters.labgeo.samenvrad = (parameters.acq.bb(3)/2)*parameters.acq.pixelsize;
+        labgeo_tmp = gtGeoSamEnvFromAcq(parameters.labgeo, parameters.acq);
+        parameters.labgeo.samenvtop = labgeo_tmp.samenvtop;
+        parameters.labgeo.samenvbot = labgeo_tmp.samenvbot;
+        parameters.labgeo.samenvrad = labgeo_tmp.samenvrad;
     end
 else
     % find direct beam bounding box
@@ -214,10 +215,10 @@ else
         parameters.prep.bbox = parameters.acq.bb+[-parameters.prep.margin 0 2*parameters.prep.margin 0];
         
         % define the sample envelope - assume centred on direct beam
-        parameters.labgeo.samenvtop = (parameters.acq.bb(4)/2)*parameters.acq.pixelsize;
-        parameters.labgeo.samenvbot = -parameters.labgeo.samenvtop;
-        parameters.labgeo.samenvrad = (parameters.acq.bb(3)/2)*parameters.acq.pixelsize;
-        
+        labgeo_tmp = gtGeoSamEnvFromAcq(parameters.labgeo, parameters.acq);
+        parameters.labgeo.samenvtop = labgeo_tmp.samenvtop;
+        parameters.labgeo.samenvbot = labgeo_tmp.samenvbot;
+        parameters.labgeo.samenvrad = labgeo_tmp.samenvrad;        
     end
     save(parameters_name,'parameters');
 end % end no_direct_beam case